In den beiden Bauphasen werden unterschiedliche Streckenabschnitte gesperrt. Für jede Bauphase gibt es zwei Ersatzbuslinien, jeweils eine, die exakt die Haltestellen der U-Bahn bedient, und eine, die eine schnelle Anbindung an Knotenpunkte und an andere U- und S-Bahnlinien bietet. In Phase 1 mit Arbeiten an der Implerstraße fahren die Linien SEV U3 (Brudermühlstraße - Sendlinger Tor) und SEV X3 (Brudermühlstraße - Hauptbahnhof Süd). In Phase 2 mit den Bauarbeiten auf dem Südast der U6 fahren die Linien SEV U6 (Klinikum Großhadern - Brudermühlstraße) und SEV X6 (Klinikum Großhadern - Heimeranplatz – Donnersbergerbrücke).
